وی پس از ادعای بابیت توسط علی‌محمد شیرازی، در شمار نخستین گروندگان به باب درآمد و از فعال‌ترین افراد بابی شد و به ترویج بابی‌گری به ویژه در نور و مازندارن پرداخت. برخی از برادرانش از جمله برادر کوچکترش میرزا یحیی معروف به «صبح ازل» نیز بر اثر تبلیغ او به این مرام پیوستند. پس از اعدام علی‌محمد باب به دستور امیرکبیر، میرزا یحیی ادعای جانشینی باب را کرد. ظاهراً یحیی نامه‌هایی برای علی‌محمد باب نوشت و فعالیت‌های پیروان باب را توضیح داد. علی‌محمد باب در پاسخ به این نامه‌ها وصیتنامه‌ای برای یحیی فرستاد و او را وصی و جانشین خود اعلام کرد. پس از باب عموم بابیه به جانشینی میرزا یحیی معروف به صبح ازل معتقد شدند و چون در آن زمان یحیی بیش از نوزده سال نداشت، میرزا حسینعلی زمام کارها را در دست گرفت. امیرکبیر برای فرونشاندن فتنه‌ی بابیان از میرزا حسینعلی خواست تا ایران را به قصد کربلا ترک کند و او در شعبان 1267 به کربلا رفت؛ اما چند ماه بعد، پس از برکناری و قتل امیرکبیر در ربیع الاول 1268 و صدارت یافتن میرزا آقاخان نوری، به دعوت و توصیه‌ی این شخص به تهران بازگشت.

در همین سال تیراندازی بابیان به ناصرالدین شاه پیش آمد و بار دیگر به دستگیری و اعدام بابی‌ها انجامید و چون شواهدی برای نقش حسینعلی در طراحی این سوء قصد وجود داشت، او را دستگیر کردند. حسینعلی به سفارت روس پناه برد و شخص سفیر از او حمایت کرد.

سرانجام با توافق دولت ایران و سفیر روس، میرزا حسینعلی به بغداد منتقل شد و بدین ترتیب بهاءالله با حمایت دولت روس از مرگ نجات یافت. او پس از رسیدن به بغداد، نام‌های به سفیر روس نگاشت و از وی و دولت روس برای این حمایت قدردانی کرد. در بغداد کنسول دولت انگلستان و نیز نماینده‌ی دولت فرانسه با بهاءالله ملاقات کردند و حمایت دولت­های خویش را به او ابلاغ کردند.

میرزا یحیی که عموم بابیان او را جانشین بلامنازع باب می‌دانستند، با لباس درویشی مخفیانه به بغداد رفت و چهارماه زودتر از بهاءالله به بغداد رسید. در این هنگام بغداد، کربلا و نجف مرکز اصلی فعالیت‌های بابیان شد و روز به روز بر جمعیت ایشان افزوده می‌شد. در این زمان برخی از بابیان ادعای مقام «من یظهر الهی» را ساز کردند. می‌دانیم که علی‌محمد باب به ظهور فرد دیگری پس از خود بشارت داده بود و او را «من یظهر الله» نامیده بود و از بابیان خواسته بود به او ایمان بیاورند.

آدم‌کشی‌هایی که در میان بابیان رواج داشت و همچنین دزدیدن اموال زائران اماکن مقدّس در عراق و نیز منازعات میان بابیان و مسلمانان باعث شکایت مردم عراق و به ویژه زائران ایرانی گردید و دولت ایران از دولت عثمانی خواست تا بابی‌ها را از بغداد و عراق اخراج کند. بدین ترتیب در اوایل سال 1280 قمری فرقه‌ی بابیه از بغداد به استانبول و بعد از چهارماه به ادرنه (یکی از شهرهای ترکیه) منتقل شدند در این زمان میرزا حسینعلی مقام «من یظهر الهی» را برای خود ادعا کرد و از همین جا نزاع اصلی و جدایی و افتراق در میان بابیان آغاز شد. بابی‌هایی که ادعای او را نپذیرفتند و بر جانشینی میرزا یحیی صبح ازل باقی ماندند، ازلی نام گرفتند و پذیرندگان ادعای میرزا حسینعلی بهاءالله، بهائی خوانده شدند. میرزا حسینعلی با ارسال نوشته‌های خود به اطراف و اکناف رسماً بابیان را به پذیرش آیین جدید فرا خواند و دیری نگذشت که بیشتر آنان به آیین جدید ایمان آوردند.

 منازعات ازلیه و بهائیه در ادرنه شدّت گرفت و اهانت و تهمت و افترا و کشتار رواج یافت و هر یک از دو طرف بسیاری از اسرار یکدیگر را باز گفتند. سرانجام حکومت عثمانی برای پایان دادن به این درگیری‌ها، بهاءالله و پیروانش را به عکا در فلسطین و صبح ازل را به قبرس تبعید کرد. بهاءالله در هفتاد و پنج سالگی در 1308 قمری در شهر حیفا از دنیا رفت. میرزا حسینعلی پس از اعلام «من یظهره الهی» خویش، به فرستادن نامه (الواح) برای سلاطین و رهبران دینی و سیاسی جهان اقدام کرد و ادعاهای گوناگون خود را مطرح ساخت. بارزترین مقام ادعایی او، ربوبیت و الوهیت بود. او خود را خدای خدایان، آفریدگار جهان، کسی که «لم یلد و لم یولد» است، خدای تنهای زندانی، معبود حقیقی، رب ما یری و ما لایری نامید.

پیروانش نیز پس از مرگ او همین ادعاها را درباره‌اش ترویج کردند و در نتیجه پیروانش نیز خدایی او را باور کردند و قبر او را قبله‌ی خویش گرفتند. گذشته از ادعای ربوبیت، او شریعت جدید آورد و کتاب «اقدس» را نگاشت که بهائیان آن را «ناسخ جمیع صحائف» و مرجع تمام احکام و اوامر و نواهی می‌شمارند. مهمترین کتاب بهاءالله «ایقان» بود که در اثبات قائمیت  علی‌محمد باب در آخرین سال‌های اقامت در بغداد نگاشت.