معاد با جسم هور قليائي
چالش برانگيز ترين عقيده شيخ احمد که مرحوم برغاني بواسطه آن به تکفير شيخ فتوا داد همين بحث معاد است شيخ احمد احسايي تفسير ي از جسم ارايه مي‏دهد كه نزد ساير عالمان شيعي مقبول نيست زيرا  در نظر آنان  معاد جسماني اين است که انسان در روز رستاخيز با همين بدن عنصري  دنيوي بي هيچ تفاوتي به دنيا باز ميگردد. در حالي که شيخ معتقد است بدن بعد از تصفيه از عناصر دنيوي عود ميکند .
شيخ احمد پيرامون معاد جسماني نظريه خود را چنين نگاشته است :
انسان داراي دو جسد است : يک قسم آن از عناصر زماني تشکيل شده است  و اين بدن مانند لباس است که به بدن پوشيده شده و از بدن کنده ميشود ، نه او را لذتي است  ونه رنجي نه طاعتي و نه معصيتي  آيا نمي بيني هنگامي که زيد بيمار مي شود تمام گوشتهاي بدنش آب ميشود  و از آن گوشتها چيزي نمي ماند ، ولي زيد فرق نمي کند، زيد همان زيد است وتو بالبداهه ميداني اين همان زيد عاصي است و از گناهانش چيزي کاسته نشده اگر گوشت هاي ذوب شده از زيد بود(يعني دخيل در حقيقت زيد بود) بايد آنچه مربوط به زيد است از خير و شر را با خود ميبرد، همچنين اگر ضعيف شود يا چاق شود بعد از اين بيماري او همان زيد است اونه نقصي از لاغري در ذات و صفات و طاعات و معاصي در او پيدا ميشود ونه زيادتي در اثر چاق شدن ، حاصل انکه اين جسد از زيد نيست و جز اين نيست که اين بدن نسبت به زيد مانند سنگ و خاک است نسبت به شيشه ، هنگامي که سنگ ذوب شد وسنگ  وخاک کنار رفت شيشه ظاهر مي شود ، و اين شيشه در واقع همان سنگ و خاک کثيف (قبل)است که ذوب شده و کثافات از او خارج شده است.......و اين جسد مانند کثا فاتي که در سنگ و خاک است و ذاتي آنها نيست ذاتتي زيد نيست مثال ديگر لباس است که در حقيقت همان تار و پود به هم بافته شده است و رنگهاي لباس اعراض هستند که رنگي را مي پوشند و رنگي را خارج ميکنندو لباس همپنان همان لباس است....
جسد دوم :
اين جسد باقي و هميشگي است و اين جسد همان طينت است که انسان از آن آفريده شده، وقتي که زمين جسد عنصري را خاک کرد ، و بين اعضاي آن جدائي افکند هر جزء آن به جايگاه خود بر مي گردد هوا ملحق ميشود به هوا و آب ملحق مي شود به کره آب ، خاک ملحق مي گردد به خاک و آن بدن اصلي باقي ميماند
هذا الجسد الباقي هو من  ارض هُورقليا و هو الجسد الذي فيه يحشرون و يدخلون به الجنّة او النار فاِنْ قلتَ ظاهر كلامِك ان هذا الجسد لايبعث و هو مخالف لما عليه اهل الاسلام من انّها تبعث كما قال تعالي و ان اللّه يبعثُ من في القبور ، قلتُ هذا الّذي قلتُ هو ما يقوله المسلمون قاطبة ،
و اين جسد باقي  از عالم هور قليا مي باشد و همين جسد است که از محشور خواهد شد و به بهشت يا جهنم خواهد رفت ،و اگر کسي بگويد که اين بر خلاف عقيده مسلمانان است ميگويم عقيده همه مسلمين همين است و غير از آن چيزي نمي گويند ..» ( 1)
نکته قابل تأمل آنکه ، شيخ اصرار دارد انديشه خود را مطابق با فرمايشات ائمه طاهرين معرفي نمايد و آنچه که ميگويد از نصوص صادره از معصومين دريافت کرده است چنانکه گفته است :
من ذکر نکرده ام مگر  آنچه رأي ائمه عليهم السلام است و هر کس اعتراضي ميکند از اين جهت است که مقصود مرا نفهميده است و ندانسته که فرمايش ائمه است ( 2)
بنا بر این صدور فتوای تکفیر نیز  قابل تأمل خواهد بود

تکفیر کنندگان شیخ احمد احسایی

ميرزا محمد باقر همداني مؤسس فرقه شيخيه باقريه به برخي علماي شيعه مخالف شيخ احسائي اشاره مي‌کند(3) که عبارتند از:
1. حاج ملا جعفر استرآبادي(4)وي کتاب حياة الأرواح في الرد علي الشيخ احمد البحراني(الاحسائي) و اتباعه را در رد اين فرقه نگاشته است (5)
2. ملا آقا دربندي؛ مؤلف كتب خزائن الاصول و خزائن الاحكام (متوفي 1285 ه .)(6)
3. سعيد العلماء مازندراني(7)
4. ملا محمد تقي قزويني (شهيد ثالث)، (متوفي 1264 ه.)
5. شيخ محمد حسن صاحب جواهر  (متوفي 1266 ه .) (8) 
6. سيد محمد مجاهد؛ نويسنده‏ي مناهل (متوفي 1242 ه .)
7. سيد مهدي طباطبايي؛ فرزند نويسنده‏ي كتاب رياض (متوفي 1260 ه .) (9)
8. شيخ محمد حسين؛ نويسنده‏ي فصول (متوفي 1261 ه .) (10)
9. سيد ابراهيم قزويني؛ مؤلف ضوابط (متوفي 1262 ه .) (11)
10. شيخ شريف العلماء (متوفي 1265 ه .) (12)
پی نوشت:
 1-شرح الزياره ،جلد 4 صفحه 365
2-رساله ناصريه ، حاج محمد کريم خان کرماني ، طبع دوم ، چاپخانه سعادت ،کرمان ، 1375 ه / ق

3- ميرزا محمد باقر خندق آبادي همداني ، الاجتناب 1308ه/ق بيتا ، بيجا ، ص30
4- بهائيان ص 70 به نقل از : «مظاهرالآثار» ، نسخه خطى.، ج1، ص1064 .
5- ر.ک.اعيان‏الشيعة، ج‏4، ص: 85
6- شرح حال وي در فهرس‏التراث، ج‏2، ص: 166آمده است
7- قال الشيخ عباس القمي في الكنى و الألقاب: كان من أجلّاء تلاميذ شريف العلماء، مسلّما في الفقه و الأصول ر.ک.فهرس‏التراث، ج‏2، ص: 150
8- «فهرست»، ص200
9- «قصص العلماء»، ص44
10- «فهرست»، ص200
11- «فهرست»، ص200
12- «روضات الجنات»، ج2، ص126